El Club de Fútbol Lobos de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla, comúnmente conocido como los Lobos de la B.U.A.P., es un equipo de fútbol profesional de la ciudad de Puebla de Zaragoza del estado de Puebla, que juega en la Primera División de México.
Fundado originalmente en 1967, fue uno de los equipos que inauguró la Tercera División en la temporada 1967-68.
Si bien durante la década de 1930 el fútbol poblano contó con un equipo llamado "Preparatoria" conformado exclusivamente por estudiantes, no fue sino hasta 1967 cuando la Federación Mexicana de Fútbol aceptó a un equipo de la Universidad Autónoma de Puebla en la Tercera División de México; este equipo fue uno de los 16 fundadores de la Tercera División (en nivel de categoría profesional sería lo que ahora es la Segunda División de México),“primera época 1967-1971". Para 1969, la directiva encabezada por Rafael Moreno Valle se muda al equipo vecino de la ciudad, el Puebla FC, dejando al equipo universitario en manos del Departamento de Educación Física de la máxima casa de estudios de Puebla. Desgraciadamente el equipo no pudo ser sostenido económicamente y finalmente desapareció. Oficialmente el equipo se llamaba UAP FC y su primer nombre fue el de Carolinos de la UAP (el carolino es el edificio donde en los años 60`s se concentraba la mayoría de estudiantes de la universidad, ahora este edificio es la rectoría de la máxima casa de estudios de Puebla).
El 7 de agosto de 1999 debuta, bajo el nombre Lobos UAP, en la división de plata enfrentando al Colima empatando a un gol, obra de Rolando Esquer. El debut en casa fue el 15 de agosto de 1999 empatando a 2 goles en el Estadio Cuauhtémoc siendo los goleadores Juan Manuel Zancona y Gerardo Espinoza.
El lobo es una figura heráldica del escudo de armas de la familia de Don Melchor de Covarrubias (comerciante de grana cochinilla en Oaxaca), quien aportó dinero a la Compañía de Jesús (Orden Jesuita) para fundar el "Colegio del Espíritu Santo", el cual derivaría con el transcurrir de los años en "Colegio del Estado" y luego en la institución que hoy lleva el nombre de Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (BUAP), la cual es la universidad pública más antigua y la más importante de la ciudad de Puebla de Zaragoza. Cabe indicar que la BUAP no conserva como su escudo el emblema de la familia Covarrubias sino que actualmente se conforma de una representación de la diosa Minerva y un ave Fénix resurgiendo de sus cenizas. Sin embargo, el escudo de Don Melchor continúa siendo un referente y un símbolo de la universidad. Vale la pena mencionar que el equipo fundador de Lobos BUAP tiene una dura primera campaña en la Segunda División de México durante 1996, en la que no logra calificar a la liguilla. Sin embargo al siguiente año logra pelear la calificación contra otro equipo local, las Águilas de la Universidad Popular Autónoma del Estado de Puebla (UPAEP), la cual es una universidad privada muy conocida en el estado. Así, Lobos compitió en la Primera División 'A' de México bajo el mando del director técnico Arturo Avilés, el cual es relevado posteriormente por Alejandro "Gallo" García quien recibe un buen grupo de jugadores. Durante el torneo en el que se da este cambio Leopoldo Castañeda, Walter Fileta, Carlos Muñoz y Emmanuel Sacramento logran con 15 anotaciones el campeonato de goleo (este es un récord pues nunca en la división de plata 2 jugadores de un mismo club han sido campeones de goleo en el mismo torneo). Pero a pesar de este buen resultado individual, el equipo no logra calificar una vez más. En el siguiente torneo el equipo es reforzado con Luis Gabriel Rey, quien jugaría posteriormente como titular en la Primera División de México con el Atlante FC. A pesar de los refuerzos se tiene una mala campaña que ve un relevo más en la dirección técnica, esta vez con "El Profe" José Guadalupe Cruz. El equipo no logra levantar y finalmente es trasladado por el Grupo Pegaso a Oaxaca. El último partido que jugaron fue contra el San Luis FC y perdieron 3-0 el 5 de mayo de 2001 y así pasa un año desaparecido el club.
El 5 de octubre del 2016 se dio a conocer que Rafael Puente Jr. se convertía en nuevo estratega de Lobos,4 la inexperiencia de Puente, fue muy criticada a su llegada, había quienes aseguraban que llegó al equipo gracias a su padre. Su debut en la fecha 13 del Torneo de Apertura 2016 añadió más críticas debido a que fue goleado 5:1 ante Venados, en el resto del Torneo, acumuló la marca de 1G-2E-1P, quedando así en la posición 15 del campeonato.
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